Działalność dydaktyczno – wychowawcza nakierowana na potrzeby dzieci specjalnej troski rozpoczęła się na terenie Ligoty na samym początku lat sześćdziesiątych ubiegłego wieku. Już wtedy powstała tu pierwsza szkoła podstawowa specjalna, która - zanim doczekała się własnego, samodzielnego budynku, funkcjonowała w dość specyficznych warunkach i różnych formach organizacyjnych.
W pierwszym roku swego istnienia tj. na przełomie lat 1961/62 szkoła nasza była filią Szkoły Podstawowej Specjalnej Nr 7 w Katowicach i zajmowała jedną salę lekcyjną w budynku Szkoły Podstawowej nr 35 w Ligocie przy ulicy Zielonogórskiej. Do szkoły uczęszczało wówczas 34 uczniów, którzy w dwóch oddziałach uczyli się pod kierunkiem dwóch nauczycieli.
W kolejnych dwóch latach funkcjonowania szkoły wzrosła liczba uczniów i uczących w niej nauczycieli. W 1964roku w szkole uczyło się już 108 uczniów. Wtedy też szkoła przestała być filią „katowickiej siódemki ” i zyskała miano klas specjalnych , nadal mieszczących się przy Szkole Podstawowej Nr 35 w Katowicach.
Przełomowym etapem w historii szkoły był dzień 1 września 1964 roku, kiedy to z klas specjalnych utworzono samodzielną placówkę tj. Szkołę Podstawową Specjalną Nr 61. Szkołę umieszczono w części budynku Szkoły Podstawowej Nr 8 przy ulicy Hetmańskiej w Ligocie gdzie dysponowała zaledwie czterema salami lekcyjnymi z dostępem do pracowni zajęć technicznych oraz własnym gabinetem lekarskim i samodzielną kancelarią. Nowoutworzona szkoła miała wtedy 6 oddziałów. Naukę w pierwszym roku samodzielnego istnienia szkoły pobierało 123 uczniów w klasach II, III i IV. Grono pedagogiczne liczyło wówczas 8 nauczycieli a stanowisko dyrektora objęła pani mgr Stefania Iwicka.
W dalszych latach następował intensywny rozwój szkoły . Przybywało oddziałów, uczniów, wzrastała liczba nauczycieli. Coraz większym problemem stawały się nader skromne warunki lokalowe. Gospodarz budynku , szkoła przy ulicy Hetmańskiej - rozumiejąc te trudności i chcąc zapewnić jak najdogodniejsze warunki pracy dla dzieci i nauczycieli szkoły specjalnej - podjął się przebudowy izb lekcyjnych. Dzięki temu szkoła zyskała dodatkową salę lekcyjną i bibliotekę szkolną. Te działania tylko na krótko przyniosły poprawę. Warunki pracy w ciasnocie i zbyt małej liczbie pomieszczeń nadal były bardzo trudne. Pomimo tego w takim kształcie szkoła funkcjonowała przez 7 lat. Pod koniec lat sześćdziesiątych zaczęły pojawiać się pierwsze zapowiedzi budowy nowego budynku dla Szkoły Podstawowej Nr 61 Specjalnej w Katowicach. Budowa szkoły w Ligocie była na ówczesne czasy inwestycją bardzo kosztowną, ale także niezbędną z punktu widzenia specjalnych potrzeb edukacyjnych. W końcu inwestycja stała się faktem. Prace budowlane rozpoczęto jesienią 1969 roku a budowę ukończono w 1971. 02 września 1971 roku nowy budynek szkolny został oficjalnie oddany do użytku. Otrzymanie przez szkołę samodzielnego budynku było w tamtym okresie ostatnim, etapem w rozwoju szkoły. Ówczesna dyrektor, mgr Stefania Iwicka, kierowała szkołą jeszcze przez 8 lat. Po niej dyrektorem szkoły w roku 1979, przez kolejnych 9 lat, została mgr Irena Sosnowska a następnie w 1988 roku mgr Karol Szczurek, który pracował na stanowisku dyrektora kolejnych 14 lat.
W 1999 roku zgodnie z założeniami reformy edukacji szkoła zyskała status zespołu szkół w skład którego weszła szkoła podstawowa i gimnazjum. Funkcję dyrektora Zespołu Szkół Specjalnych Nr 12 pełnił jeszcze do 2002 roku mgr Karol Szczurek. W roku 2003 kolejnym dyrektorem Zespołu, przez 1-ną kadencję, została pani mgr Maria Mańka. Kolejna kadencja, w latach 2007-2012, to praca dyrektora pana mgr Sławomira Warzechy. W roku 2012 stanowisko dyrektora objęła pani mgr Barbara Strzempa. Od 1 września 2023 roku obowiązki dyrektora sprawuje pani mgr Anita Harasymowicz.